Kedua pondok ini merupakan bagian dari empat klaster persebaran Covid-19 di Kabupaten Ponorogo Provinsi Jawa Timur yang dipastikan telah sembuh seluruhnya.
Beberapa warga Pondok Modern Gontor yang dinyatakan positif kemudian dipindahkan isolasi di Rumah Sakit Lapangan Indrapura di Kota Surabaya.
Pesantren sudah menerapkan keamanan dan protokol kesehatan pencegahan Covid-19 secara ketat dan maksimal.