KMP Bahtera Nusantara 03 berukuran 1500 gross ton (GT) yang memiliki spesifikasi panjang 71,92 m, lebar 14 m, tinggi 4,6 m, kecepatan diatas 15 knot.
Penumpang dan kendaraan hanya diperbolehkan masuk ke pelabuhan (check in) sesuai dengan waktu yang telah dipilih saat membeli tiket dan selanjutnya pengguna jasa akan naik ke kapal dengan sistem first in first out (FIFO) setelah proses check in.
Dalam rangka mendukung KSPN Danau Toba, Pemerintah melalui Kementerian Perhubungan membangun sebanyak 13 Pelabuhan Penyeberangan yang tersebar di tujuh Kabupaten di Sumut.