Kejutan lain datang dari pebalap Aprilia Aleix Espargaro yang mengamankan posisi start keempat, mengungguli pebalap tim pabrikan Yamaha Maverick Vinales.

Duet KTM Factory Racing Pol Espargaro dan Brad Binder akan start dari P6 dan P7 di depan pebalap Ducati Danilo Petrucci dan Joan Mir dari Suzuki.

Sementara itu, Valentino Rossi harus puas start dari baris keempat, setelah catatan waktunya hanya mampu menempatkan The Doctor di P10 di depan pebalap Suzuki Alex Rins dan Cal Crutchlow dari LCR Honda.

Francesco Bagnaia melewatkan balapan seri ketiga di Brno dan juga seri selanjutnya di Austria karena mengalami cedera lutut setelah terjatuh di FP1, Jumat.

Juara bertahan Marc Marquez juga absen di Brno karena masih dalam pemulihan pascaoperasi kedua setelah lengannya patah di seri pembuka di Jerez bulan lalu. Marquez digantikan oleh test rider Honda Stefan Bradl.

Hasil kualifikasi GP Republik Ceko
1 Johann Zarco Esponsorama Racing (GP19) 1`55,687
2 Fabio Quartararo Petronas Yamaha (YZR-M1) +0,303 detik
3 Franco Morbidelli Petronas Yamaha (YZR-M1) +0,311 detik
4 Aleix Espargaro Aprilia Gresini (RS-GP) +0,387 detik
5 Maverick Viñales Monster Yamaha (YZR-M1) +0,444 detik
6 Pol Espargaro Red Bull KTM (RC16) +0,455 detik
7 Brad Binder Red Bull KTM (RC16)* +0,612 detik
8 Danilo Petrucci Ducati Team (GP20) +0,767 detik
9 Joan Mir Suzuki Ecstar (GSX-RR) +0,825 detik
10 Valentino Rossi Monster Yamaha (YZR-M1) +0,828 detik
11 Alex Rins Suzuki Ecstar (GSX-RR) +0,884 detik
12 Cal Crutchlow LCR Honda (RC213V) +1,110 detik
13 Miguel Oliveira Red Bull KTM Tech3 (RC16) 1`56,328 detik
14 Jack Miller Pramac Ducati (GP20) 1`56,352 detik
15 Tito Rabat Esponsorama Racing (GP19) 1`56,695 detik
16 Iker Lecuona Red Bull KTM Tech3 (RC16)* 1`56,764 detik
17 Takaaki Nakagami LCR Honda (RC213V) 1`56,822 detik
18 Andrea Dovizioso Ducati Team (GP20) 1`57,034 detik
19 Bradley Smith Aprilia Test Rider (RS-GP) 1`57,438 detik
20 Stefan Bradl Repsol Honda (RC213V) 1`57,573 detik
21 Alex Marquez Repsol Honda (RC213V)* 1`57,606 detik
* Rookie.