Pergerakan penumpang di Pelabuhan Makassar masih didominasi dari dan menuju Pelabuhan Tanjung Perak, Baubau, Parepare, Labuan Bajo, Batulicin dan Selayar.
Posisi Makassar sebagai pelabuhan strategis yang menghubungkan wilayah barat, tengah dan timur Indonesia sudah berlangsung sejak lama.